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醫院評鑑組之主要業務即是醫院評鑑、教學醫院評鑑與相關領域之認證與訪查，以達成創會之使命。我國自1978年實施第一次醫院評鑑以來，台灣成為世界上第4個，亞洲第1個辦理醫院評鑑的國家。此外，醫院評鑑制度之規劃亦隨著社會的發展與國際的潮流做適當的調整，期望成為提升台灣醫療品質的推手。
業務內容
新制醫院評鑑及新制教學醫院評鑑
本會承繼行政院衛生署自1978年辦理教學醫院評鑑及1988年開始執行醫院評鑑的任務，從1999年開始接受其委託進行地區醫院實地評鑑的工作，在2000年，將業務範圍擴大至區域醫院、地區醫院以及精神專科醫院的評鑑，繼而於2004年增辦醫學中心評鑑並且建立評鑑委員的評核制度，同時，開始辦理精神復健機構評鑑。其間，還著手規劃以過程面、結果面、醫療品質及醫療服務成效為評核標的之新制醫院評鑑。終於2005年至2007年逐步實施新制醫院評鑑及教學醫院評鑑制度，並持續推動各項改革。
新制醫院評鑑
新制醫院評鑑之核心價值為建立安全、有效、以病人為中心、適時、效率、公正優質的評鑑機制，期待醫院提供符合社區民眾健康需求的服務；同時，鼓勵醫院發展特色並追求卓越。因此，將評鑑類別統整為醫療組、護理組和管理組三大領域；以醫療品質及醫療服務的成效為評核的標的。以病人整體照護的過程，訂定評鑑的標準。
新制教學醫院評鑑
新制教學醫院評鑑制度以各類醫事人員教學訓練計畫（含臨床教學訓練計畫）之執行與成果為評估的主體，促使教學醫院落實醫學教育中住院醫師、實習醫學生以及醫事教育中其他醫事人員（如護理、藥事、醫事放射及醫事檢驗）與實習學生的教育訓練，確實發揮教學醫院之功能。
醫院評鑑改善措施
醫院評鑑實為醫療品質和醫院管理最佳的改善工具之一。因此，各項評鑑相關的改善措施應逐步實施。期望提升醫院評鑑工作之效率與品質，以達到評鑑的目的，同時，也兼具輔導和教育之功能。改善措施包括：
- 強化醫院評鑑的輔導功能，增加實地評鑑時間及建立重點複查及複評制度。
- 改變醫院實地評鑑的分組，評鑑委員亦分為管理、醫療及護理三大領域。
- 舉辦評鑑說明會及研討會，協助申請評鑑之醫院瞭解評鑑相關的作業，資料表、評量表之修訂說明以及各組實地評鑑之重點，並邀請已受評醫院分享其準備評鑑的經驗與心得。
- 舉辦評鑑委員共識研討會，加強凝聚評鑑委員的共識以降低因個人差異所導致之評量差異。評鑑作業的標準化和資訊化，以提升效率與品質。本會網頁（網址www.tjcha.org.tw）定期公告評鑑相關的最新消息，並採用網路進行評鑑資料之申報，以提升評鑑資料填寫的品質及效率。
- 訂定不定期追蹤輔導機制。藉由不定期隨機到院追蹤輔導評鑑合格的醫院，以了解上次評鑑缺失改善的情形，並加以輔導。達到對醫院品質作持續性監測與改善之目的。
- 建立評鑑委員遴選暨評核機制，以建立一個公平、公正、公開的委員遴選制度，並經由委員評核制度與訓練課程，以提升聘任委員之專業水準。
醫院評鑑結果
新制醫院評鑑及新制教學醫院評鑑之合格等級，依評鑑結果分為合格、優等及特優三個等級；新制教學醫院評鑑則僅分為合格與優等二個等級。獲得合格等級之醫院，其合格效期為3年，優等與特優等級的合格效期均為4年，期滿需重新申請評鑑。至2006年底，我國評鑑合格醫院共有494家（含精神科醫院42家），評鑑合格之教學醫院共133家（含精神科教學醫院家10）。
醫院評鑑未來發展方向
- 協助衛生署對於醫學中心角色與定位之研議。
- 強化醫院評鑑資訊公開。
- 建立持續性醫院評鑑品質指標監測系統。
- 加強醫院評鑑委員之專業性。
其他機構的評鑑和認證
其他機構的評鑑和認證則包括精神復健機構評鑑、母嬰親善醫療院所認證和人體試驗委員會訪查作業。
- 精神復健的照護係以團隊合作方式整合醫療、護理、社工、心理與職能治療等多面向的資源，協助住民/學員回歸社區。藉由外部的評鑑以提供精神復健機構內部作業改善之方向並且提升照護的品質。截至2006年底共完成187家次之實地評鑑工作，雖然評鑑家數快速的成長，但複評的家數卻逐年的降低，顯示評鑑制度確能維持其照護的品質。未來將朝以復健品質和復健服務的成效做為評核的標的，對整體照顧的過程，系統性的「以住民/學員為中心」訂定新制精神復健機構評鑑的基準，以全面地提升經營的品質。
- 母嬰親善醫療院所認證是我國重視母乳哺育的重要公共衛生政策，自1998年試辦母嬰親善醫院推廣計畫以來，逐步完成母嬰親善醫院認證標準及制度，本會自2007年起在現有的基礎上，接受行政院衛生署國民健康局的委託進行認證制度的規劃與執行，期盼未來建置更加完善的母嬰親善醫療院所認證制度，提供母嬰親善優質的醫療環境。
- 人體試驗委員會的訪查計畫乃在於了解人體試驗委員會（Institutional Review Board, IRB）的運作，以保護受試者的權益與安全。我國所制訂的「藥品優良臨床試驗規範（Good Clinical Practice, GCP）」和所公告的「醫療機構人體試驗委員會組織及作業基準」下，政府建立了人體試驗委員會評鑑制度。本會於2005年協助行政院衛生署針對列管之43家醫療機構人體試驗委員會進行訪查作業；並於2007年開始辦理人體試驗委員會實地訪查作業，深入了解各委員會遵循研究試驗倫理原則的情形，以建造良好的生醫研究環境，確保受試者的權益與安全。
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